طرح نخستین مسجد به گونه بومسلمی (شبستان ستوندار) بوده که در سال ۱۵۶ هجری ساخته شده و کاوش‌ها، موقعیت آن را روشن ساخته‌اند. محراب و بخش بزرگی از دیوار سوی قبله مسجد کهن با گچبری ناب و بی‌همتا در زیر کف شبستان جنوبی مسجد کنونی یافت شده است. سوی قبله مسجد کهن با سوی قبله کنونی ۲۰ تا ۳۰ درجه اختلاف دارد. مسجد جامع اصفهان دارای نقشه چهار ایوانی و دارای کتیبه‌های گنبد خاکی -کتیبه قرآنی نمای خارجی صفّه صاحب- کتیبه قرآنی ایوان درویش- کتیبه محراب صفه صاحب- کتیبه‌های روایات و احادیث- الواح هلال خارجی صفه صاحب- کتیبه محراب صفه عمر است.